环氧乙烷灭菌器属于灭菌器的一种，其主要的目的就是灭菌，环氧乙烷灭菌器在灭菌阶段包括穿刺进药、灭菌、排气几个过程。

　　 (1)穿刺进药加湿成功后，真空发生器工作，抽空到真空下限，穿刺针顶出，穿刺气罐。穿刺结束后，压力变送器监视压力变化，判断压力是否符合要求，表明环氧乙烷气体的浓度。

　　 (2)灭菌  在整个灭菌阶段，灭菌室内始终保持负压状态，避免有环氧乙烷气体泄漏，灭菌时间由程序设定。

　　 (3)排气  当灭菌结束后，进行脉动抽空排除内室的环氧乙烷气体。具体过程是首先抽空到18kPa，然后进空气回升到55kPa，如此运行30min。在排气阶段，能排去灭菌室内大部分环氧乙烷气体，但灭菌物品内仍含有环氧乙烷残留，需作进一步处理。